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药监码软件系统由国家药监局药品监管网平台、企业客户端、电子密钥、药监码实施应用软件、电子监管码打印软件等组成。其中，企业客户端软件可以从药品电子监管网上下载，电子密钥需要向药监局申请。
药监码系统实施应用软件是药品生产企业寻找药监码系统集成商来根据企业实际情况设计，一般应包括内容：
（1）基础信息。产品信息、工厂信息、车间信息、生产线信息、在线设备信息、工位信息、订单信息管理；
（2）数据管理。产品信息数据的导入、监管码的导入、监管码的导出、关联关系的导出、数据库；
（3）生产管理模块；
（4）异常处理模块。
药监码硬件系统由服务器、打印PC、平面贴标机、现场工控机、药监码扫描器、条码打印机等组成，此外还需要根据系统实施情况对现有设备进行改造。
1统集成商选择
务必选择符合药品电子监管网技术标准的系统集成商,如企业要选择不符合相关技术标准的系统集成商，该系统集成商必须先通过相应技术标准测试。企业入网后，可在药品电子监管网中查询到符合技术标准的系统集成商列表。企业与系统集成商签订合同后，务必在药品电子监管网中选择相应的系统集成商，进行登记备案。药品电子监管网将根据备案信息对生产企业的包装线改造工作进行跟踪和支持。
2业内部管理
企业应根据电子监管码的特点和使用要求，制定相应的管理制度，其主要内容应包括：赋码药品出入库时必须扫描药品电子监管码；按时、准确的上报关联关系数据；按时、准确的上报出入库数据；数字证书的保管、使用、挂失方法：数字证书必须妥善保管，必须由专人使用，不得转借他人，如发现丢失，务必及时与药品电子监管网运营中心联系，进行挂失处理；申请的监管码的管理方法。
3业人员的配备和培训
生产企业至少应配备熟悉计算机基础信息化操作人员1名，熟悉计算机基础操作和熟悉生产业务技术人员1名，对生产线业务人员、仓库业务人员、信息化人员进行相应的培训。